| No | Badan | Nama Kepala | Alamat & Telp. |
| 1 | Inspektorat | Achmad Mas'udi, SH | Jl. Krakatau No.1 Kajen Telp. (0285) 381782 |
| 2 | Badan Perencanaan Pembangunan Daerah | Ir. Bambang Irianto, M.Si | Jl. Ade Irma suryani no.6 Wiradesa telp(0285) 441 6617 |
| 3 | Badan Kepegawaian Daerah | Djoko Pranowo, SH, M.Si | Jl. Sumbing No. 2 Komplek sekretariat kabupaten pekalongan Telp. (0285) 381 766 |
| 4 | Badan Ketahanan Pangan dan Penyuluhan | Ir. Trinanto Agus Maryono, M.Si | |
| 5 | Badan Penanaman Modal dan Pelayanan Perizinan Terpadu | M. Janu Haryanto, SH, MH | |
| 6 | Badan Pemberdayaan Masyarakat, Perempuan dan Keluarga Berencana | Hj. Megawati , S.Pd, M.Pd | Jl. Alun-alun Utara No. 3 Kajen Telp. (0285) 381 905 |
| 7 | RSUD Kraton | dr. Muh. Teguh Imanto, SP. B,ONK | Jl. Veteran No. 31 Pekalongan Telp.(0285) 421 621 |
| 8 | RSUD Kajen | drg. Hermawan Udianta | Jl. Raya Karangsari Kec. Karanganyar, Kab. Pekalongan Telp.(0285) 385 230, 385 231 Fax.(0285) 385229 |
Badan - Badan Kab. Pekalongan
